Besonders bei langwierigen Krankheiten, die eine dauernde Medikamenteneinnahme erfordern, kann man durch Bestellungen in einer Online Apotheke erheblich sparen. Vorteilhaft sind die Möglichkeiten eines sofortigen Preisvergleiches und das Angebot, anstelle von teuren Markenprodukten günstigere Generika zu wählen, welche dieselben Wirkstoffe beinhalten. Eine Online Apotheke bietet häufig Bonusleistungen und Sonderrabatte an, z. B. Gratisproben, Gutscheine oder Prämien für Neukunden, wodurch die Bestellung noch günstiger wird. Entsprechend der jeweiligen Jahreszeit gibt es für spezielle Produktgruppen sehr interessante Sonderangebote.
Für Berufstätige oder Menschen, die krank oder weniger mobil sind, ist die 24-stündige Bestellmöglichkeit in Internetapotheken sehr vorteilhaft. Man spart Zeit und der Weg zur nächsten örtlichen Apotheke entfällt, da direkt nach Hause geliefert wird. Vielfach profitiert man von der Übernahme der Versandkosten - entweder ab einem bestimmten Bestellwert oder völlig versandkostenfreier Lieferung. Bei Rezepten ist meist nur die Zuzahlung zu begleichen, da häufig eine direkte Krankenkassenabrechnung erfolgt. Optimal ist auch die sichere Verschwiegenheit. Selbst bei etwas heikleren Krankheitsbildern erfolgt die Bestellung und Lieferung der Medikamente anonym, ohne dass andere Leute davon erfahren. Viele Internetapotheken gewährleisten einen individuellen Kundenservice über Telefon oder E-Mail. Detaillierte Beschreibungen der Medikamente bieten schon vor einer Bestellung eine gute Möglichkeit, sich umfassend über Wirkungen und Nebenwirkungen zu informieren.